Este script me permite hacer esto automáticamente.
#!/bin/bash
PATHS="/path/to/dir1 /path/to/dir2 /path/to/dir3"
find $PATHS -mtime +3 -ls -exec rm {} \;
En la variable $PATH ponemos todos los directorios que deseamos limpiar separados por un espacio. Luego el comando find se encargara de ir directorio por directorio listando (-ls) todos los archivos mayores de tres dias (-mtime +3). El resultado de ese ls (los nombres de nuestros archivos) serán eliminados por -exec rm{}.
Puedes modificar el tiempo de acuerdo a tu necesidad, por ejemplo -mtime +0 eliminaria todos los archivos que no sean del dia corriente.
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